医学院积极参与国家医疗卫生体制改革，各附属医院不断提升诊疗水平和医疗卫生服务能力。学院现有12所附属医院，其中7所综合性医院、5所专科性附属医院。拥有3个国家临床医学研究中心（代谢性疾病国家临床研究中心、口腔疾病国家临床研究中心、眼部疾病国家临床研究中心），1个国家儿童医学中心（共建），1个国家口腔医学中心（共建），1个国家热带病研究中心（共建）。拥有74个国家临床重点专科（不含中医），数量占上海市国家级临床重点专科总数的54%，16个上海市“重中之重”临床医学中心和重点学科。2020年各附属医院开放床位数21634张，门急诊人次达3193.69万，出院人次105.97万，住院手术人次79.13万。目前医学院各附属医院手术人次占全市1/3，治愈疑难杂症患者占全市1/2，以雄厚的综合实力，为上海乃至全国的医疗卫生事业做出了重要贡献，赢得社会广泛赞誉。
2020年在抗击新冠肺炎疫情工作中，医学院系统积极响应习近平总书记和党中央号召，坚决贯彻上级各项决策部署，先后派出八批援鄂医疗队，共计569人弛援武汉，派出182名医务人员援助上海市公共卫生临床中心。随着全球疫情日趋严峻，医学院积极提供国际物资援助，主动将抗疫中积累的宝贵“中国经验”分享给国际友人，充分展示出交大医学院的使命意识和责任担当。
医学院积极探索区域协同共建医疗卫生事业新战略，与长宁区政府合作共建上海市同仁医院，并于2014年成立虹桥国际医学研究院，努力实现多维推进区域医疗发展与学科内涵建设。2011年成立上海交通大学中国医院发展研究院，大力开展医院管理政策性研究，在国内医院管理领域产生了一定的影响力。2019年，上海交通大学医学院和上海理工大学共同发起建立“医工交叉创新研究院”和“医工交叉研究生院”。2020年与上海中医药大学携手成立“中医西医汇聚创新研究院”，着眼于中西医交叉优势学科发展方向，推进中西医交叉创新临床和基础研究。同年10月，成立上海交大医学院—中科院上海营养与健康研究所“慢病防控与健康促进协同创新中心”，将充分整合双方优势资源，聚焦“慢病防控”，开展深度合作。12月，与上海开放大学签约合作，未来将共同建设服务老年人群的健康管理体系，共同推进市民健康与医学素养提升以及共同提升医学教育信息化建设质量。
医学院持续深化国际交流，积极拓展教育合作、科研合作和学术辐射，不断提升国际交流的深度和广度。医学院已与21个国家和地区的64所大学及科研机构开了广泛的合作。近年，医学院进一步加强和世界顶级大学的科研合作，建立了上海交通大学医学院单细胞组学与疾病研究中心、与英国爱丁堡大学共建 “全健康研究中心”。与12个国家的37所大学开展了约50个海外游学（短期）项目，本科生短期境外访学比例达50.4%。国际学生教育工作稳步发展，2020年顺利通过了中国教育国际交流协会组织的来华留学质量认证，成为目前全国首家唯一获得八年认证期的高校。
医学院拥有深厚和优质的中法医学教育传统，中法合作办学已经成为医学院办学特色之一。医学院与法国医学院校的合作历史源远流长，自1911年上海交通大学院医学院前身——震旦大学医学院成立至今，医学院在与法国一流高校的教育合作方面不断发展，取得了显著的成绩，培养了近800名法语医学人才。1997年，医学院临床医学法语班项目正式纳入两国政府合作渠道；2007年，医学院成立“中法医学部”；2013年“上海交通大学与法国斯特拉斯堡大学合作举办的医学教育专业博士研究生教育项目”获得教育部正式立项，成为国内首个中外联合培养医学博士项目。2018年10月，由上海交通大学医学院与法国巴黎笛卡尔大学、里昂第一大学、里尔大学、斯特拉斯堡大学、格勒诺布尔-阿尔卑大学等院校共同创建的“中法联合医学院”正式成立，全面开启医、教、研各领域的深层次合作，标志着医学院的中法医学合作揭开了新的篇章、迈向了新的高度。
2013年医学院与渥太华大学医学院签署《上海交通大学医学院渥太华大学医学院合作协议》，成立“上海交通大学-渥太华大学联合医学院”，2014年“上海交通大学与加拿大渥太华大学合作举办医学本科英文班项目”获教育部批准，2015年起正式开始招生，2017年建设完成中加联合实训中心。
2019年，上海交通大学医学院和国家热带病研究中心携手成立“全球健康学院”，学院整合交大医学院和中国疾病预防控制中心在热带病防控领域的优势力量和全球分布的国际合作网络，旨在培养具备扎实学科基础，创新思维、全球视野的全球健康治理的领军人才。
2020年全球健康学院率先在国内为医学院开设《全球健康》必修课。在全球健康学院建设的基础上，2020年上海交通大学和爱丁堡大学共建“全健康研究中心”，中心围绕人类、动物和环境领域之间的重大健康领域和治理系统，发展“全健康”学科体系，率先在我国开展全健康双硕士联合研究生培养，建立全健康研究与实践基地，为培养具有国际视野的全健康高级人才、为国家和国际组织提供全健康技术与政策咨询搭建平台，从“人类-动物-环境”健康的整体视角提高我国公共卫生治理能力，服务于人类卫生健康共同体。
2020年是“十三五”规划的收官之年，医学教育改革进入新时代，医学院的改革发展也迎来重要战略机遇。全体医学院人将继续深入学习贯彻党的十九大精神，以立德树人、铸魂育人为根本使命，牢牢抓住国家“双一流”建设和上海市高水平地方高校建设的时代机遇，不忘初心，牢记使命，以*思想武装头脑，不驰于空想，不鹜于虚声，始终坚持医教协同，持续深化医学教育综合改革，全力推动医学教育改革向纵深推进，坚持把医学教育写在祖国大地上，把医学研究写在世界科技前沿上，把医学论文写在人民健康篇章上，为祖国医疗卫生事业的发展接续奋斗。
