学校有3个国家医学中心、6个国家临床医学研究中心；2个省部共建协同创新中心，2个北京高精尖创新中心；1个省部共建国家重点实验室培育基地、5个教育部重点实验室、1个北京实验室、54个北京市重点实验室；1个国家工程实验室、1个国家工程技术研究中心、4个教育部工程研究中心、10个北京市工程技术研究中心；有3个教育部创新团队，3个科技部重点领域优秀创新团队。在拥有一批国家级和市级重点学科和重点实验室的同时，学校建有高水平的国家级、市级研究和培训机构，如国家生命科学与技术人才培养基地、原卫生部全科医学培训中心、北京市全科医学培训中心、首都医科大学国家医疗保障研究院、首都医科大学健康医疗大数据国家研究院、首都卫生管理与政策研究基地等。近5年来，学校承担了国家重点研发计划、国家科技重大专项、国家自然科学基金、国家社会科学基金、北京市科委以及北京市自然基金等科研项目2996项（其中国家级科研项目1705项），累计科研经费27.54亿元（其中国家级项目经费21.46亿元）。获得各类各级奖励111项，其中国家科技进步奖7项、北京市科技奖25项、教育部高等学校科学研究优秀成果奖9项、中华医学科技奖27项、吴阶平系列医学药学奖6项、茅以升北京青年科技奖2项、吴阶平-保罗·杨森奖4项、何梁何利科技奖2项、中源协和生命医学奖3项、华夏医学科技奖24项；北京市优秀调查研究成果奖1项、哲学社会科学优秀成果奖1项。获得专利授权1622项。
学校建有图书馆、档案馆、校史馆、中心实验室、信息中心、实验动物部、学报编辑部、校医院等公共服务平台。
学校先后与美国、加拿大、澳大利亚、英国、瑞典、挪威、香港、台湾等19个国家和地区的50多所高校和相关单位签订了友好交流合作协议。先后接待50多个国家和地区的专家学者和学生数百人来校进行学术交流访问。学校获批首批北京市“一带一路”国家人才培养基地。留学生涵盖了本科、硕士、博士研究生及进修生。同时，学校通过多种渠道，选派师生出国出境学习、进修，参加学术会议和交流访问。
学校始终坚持*，全面贯彻党的教育方针，坚持以立德树人为根本，秉承“扶伤济世、敬德修业”的校训，遵循医学教育规律，牢记社会责任，把为健康中国健康北京建设、京津冀协同发展战略实施、国际一流和谐宜居之都建设做贡献为己任，努力办人民满意的大学，培养人民满意的医生，做出能服务人民对健康美好需求的科研成果。站在新的历史起点上，全体首医人将贯彻新发展理念，进一步求真务实、凝心聚力、积极进取、追求卓越，全面提升学校核心竞争力，努力将学校建设成为国际一流的研究型医科大学。
