2016年4月15日，国务院发布《上海系统推进全面创新改革试验加快建设具有全球影响力的科技创新中心方案》，明确指出上科大在上海张江综合性国家科学中心建设中承担重要任务。目前，学校正与中科院上海分院科研院所等单位合作，负责或参与建设软X射线自由电子激光用户装置、活细胞结构和功能成像等线站工程、超强超短激光实验装置、上海光源二期线站工程（纳米自旋与磁学线站、高性能膜蛋白晶体学线站），牵头硬X射线自由电子激光装置的规划和建设，承担“未来医学中心”、“未来科学中心”等科创中心重点建设工作，力争为上海科创中心建设做出重要贡献。
学校积极投身教育国际合作，与多所国际一流大学在学生培养、合作科研、学术交流、课程共享、教师培训等方面开展全方位务实合作，并积极拓展与国内一流大学的交流合作关系。目前学校已与麻省理工学院、耶鲁大学、牛津大学、宾夕法尼亚大学、康奈尔大学、加州大学伯克利分校、约翰霍普金斯大学、杜克大学等欧美知名高校建立了良好的合作关系，合作院校还在不断增加。
