学校先后获国家级科技奖励7项，部委级科技奖励17项。“十三五”以来，获何梁何利“科学与技术创新奖”1项，获省级科技奖特等奖5项、一等奖12项；承担国家级科研项目438项，位居全省前三，年平均科研经费1.4亿元；有教育部创新团队1个，省创新团队31个。有教育部国际合作联合实验室1个，国家卫健委重点实验室1个，教育部省部共建协同创新中心1个，国家干细胞临床备案机构3个，国家干细胞临床研究备案项目1项，国家级资质认定和认可实验室（中心）2个，省级重点实验室、省级临床医学研究中心、技术研究中心、基地等79个。《昆明医科大学学报》是国家科技核心期刊。
学校建立了由4所直属附属医院、12所非直属附属医院、15所教学医院、42所实习医院、19个社区实践教学基地和76个相关专业实践教学基地组成的完善的实践教学网络，充分满足学生实践教学需要。第一、二附属医院是“三级甲等”综合医院，第三附属医院和附属口腔医院是云南省水平最高的“三级甲等”肿瘤专科医院和口腔专科医院。
学校与29个国家和港澳台地区的90余所高校及科研院所建立了交流合作关系。发起成立南亚东南亚医学教育与医疗卫生联盟，是云南省“国际医学人才培养基地”和首批招收国家政府奖学金留学生院校，是教育部批准的来华留学生本科临床医学专业（英语授课）学校，已通过教育部来华留学质量认证。在校留学生生源国达27个。
学校重视社会服务，积极开展医学及相关人员继续教育培训；承担社会责任，加强校地合作，开展教育、医疗、科技和文化对口帮扶。获全国文明校园、云南省文明单位、云南省文明学校、云南省思想政治工作先进集体、云南省脱贫攻坚先进集体、云南省民族团结进步先进集体、云南省医疗保险基金管理先进单位和平安校园等荣誉称号，是国家公共机构节约型示范单位。
