学校坚持科技驱动、协同创新，推动科研创新取得丰硕成果。现有中医学、中药学、中西医结合3个博士后科研流动站，1个教育部重点实验室，1个国家中医心血管疾病临床医学研究分中心，3个国家级区域中医诊疗中心，6个国家中医药管理局三级重点实验室，2个国家中医药管理局重点研究室，2个全国学术流派传承工作室，33个全国名老中医药专家传承工作室，拥有国家中医临床研究基地、国家重大新药创制平台（山东）中药单元平台。有2个山东省重点实验室，6个山东省工程技术研究中心，1个山东省示范工程技术研究中心，2个山东省工程实验室，1个山东省工程研究中心，3个山东省技术创新中心（培育），4个山东省高等学校协同创新中心，1个山东省高等学校示范协同创新中心，7个山东省高校科研创新平台。“十三五”以来，共承担厅局级以上科研课题3214项，其中国家级项目411项 。作为牵头单位，2018、2019年连续两年首位获得国家科技进步二等奖，共获得山东省科技进步一等奖8项。建校以来，获国家级和省部级一等奖奖励的科研成果共计30项。
学校坚持科教融合、产教融合，主动融入国家地方重大战略。与济南市人民政府签署战略合作协议，深入开展中医药“科创济南”“智造济南”“文化济南”“生态济南”“康养济南”等五大工程共15个项目。开工建设山东中医药大学生物安全动物实验楼，总建筑面积为2.6万平方米。与济南市人民政府、澳门科技大学、广东南粤（集团）有限公司共建鲁澳中医药产业研究院，打造中药质量研究、中药新药及其系列产品研发领域国际合作中心。与青岛市人民政府共建青岛中医药科学院，重点打造中医药领域的高层次人才培养基地、重要的科技研发基地和先进的医疗服务基地。与青岛市共建1200张床位的附属青岛医院。与临清市、惠民县、莒南县等地方政府，与省药监局、省药学科学院、海军青岛特勤疗养中心等部门单位，与南京中医药大学、黄冈师范学院等院校，与鲁南制药、福瑞达等企业签署了系列有影响力的战略合作协议，努力将教育教学优势、科研创新优势、中医药文化优势转化为健康产业发展优势。
学校坚持以文化人、以文育人，积极打造特色鲜明文化品牌。充分发挥“齐鲁文化、扁鹊故里、针灸发源地”“三张名片”优势，坚持把中医文化和齐鲁文化作为以文化人的重要资源，塑造独具特色的大学文化品格。通过举办中国（长清）扁鹊中医药文化节、扁鹊文化与中医经典传承发展国际论坛，协办第六届中医科学大会，举办第七届世界中西医结合大会、首届济南扁鹊论坛，叫响了“扁鹊故里”文化品牌。通过承办全国性“泰山论灸”学术会议，广泛推广灸疗适宜技术，巩固山东作为世界针灸发源地的文化优势。成立全国首家省级中医药文化协同创新中心，并成为山东省高等学校示范协同创新中心。获批省内首家中医药智库，成立儒医文化研究会。《中华医藏》是新中国成立以来规模最大最系统的中医药古籍文献丛书。注重中医药文化传播，广泛开展“万名中小学生进校园”活动，山东省中医药博物馆获批为全国中医药文化宣传教育基地、山东省中医药文化旅游示范基地、山东省社会科学普及教育基地。
学校坚持开放办学、对外交流，不断推动中医药“走向世界”。与世界上近200所高等教育、医疗科研机构建立合作关系，开展中医药相关的教育培训、科学研究、医疗保健、学术交流等合作，其中与美国、英国、澳大利亚、瑞士、奥地利、芬兰、匈牙利、泰国、马来西亚、新加坡等国家的40余家单位合作活跃密切。立项国家中医药管理局国际合作专项——中国-波兰中医药中心，获批商务部“中医药服务出口基地”、国家中医药管理局“中医外治国际合作基地”。在中外合作办学方面，与美国俄勒冈州太平洋大学合作的国际眼科与视光医学院项目获教育部批准，是国内眼视光领域第一家合作办学机构、国内中医药院校第一家合作办学机构，由济南市建设并成为济南国际医学科学中心第一家国际交流合作项目。牵头编写的《世界卫生组织拔罐实践技术规范（草案）》，推动拔罐技术在世界范围内的规范使用、科学推广。
学校将坚持以*思想为指导，坚持推动学校内涵建设和高质量发展，努力在服务健康中国建设和新时代现代化强省征程中争创一流、走在前列，奋力谱写国内一流中医药大学建设新篇章。
