实行校院二级管理体制，现设有商船学院、交通运输学院、经济管理学院（设亚洲邮轮学院）、物流工程学院（设中荷机电工程学院）、法学院、信息工程学院、外国语学院、海洋科学与工程学院、文理学院（设马克思主义学院）、徐悲鸿艺术学院、物流科学与工程研究院、上海高级国际航运学院等二级办学部门。在26600余名学生中，有本科生近16000人，各类在校研究生7200余人，留学生600余人。在1300余名专任教师中，有教授190余名。学校致力于培养国家航运业所需要的各级各类专门人才，已向全国港航企事业单位及政府部门输送了逾17万毕业生，被誉为“高级航运人才的摇篮”。
学校2013年成立中国（上海）自贸区供应链研究院和上海高级国际航运学院。中国（上海）自贸区供应链研究院将自贸区建设与供应链研究有机结合，以提升自贸区产业链建设水平，促进自贸区货物贸易向服务贸易的转型发展，同时推动政府监管职能的转变。上海高级国际航运学院采取国际上先进的商学院运作模式，与全球优秀教育机构资源共享，着力打造国内领先、国际知名的航运金融教育品牌，构筑具有影响力的航运高端人才输出基地。
2008年，上海市教育委员会、上海市城乡建设和交通委员会、上海海事大学、虹口区人民政府等20多家单位共同发起成立上海国际航运研究中心。中心挂靠上海海事大学，是国际航运业发展的研究和咨询机构，为政府和国内外企业与航运机构等提供决策咨询和信息服务，是上海市教委首批建立的“高校知识服务平台”之一。 2014年，市教委将该平台挂牌为“上海市协同创新中心”。
学校与海外100余所姐妹院校建立了校际交流与合作关系，开展教师交流、合作办学、合作科研、学生交换等。与联合国国际海事组织、波罗的海国际航运公会、挪威船级社等国际知名航运组织/机构建立了密切联系。自2010年起开设“国际班”，邀请美国、韩国、波兰、俄罗斯、德国等国家航海院校的学生来校学习“航海技术”“航运管理”等专业。2011年，经教育部批准，学校与加纳中西非地区海事大学合作举办“物流管理”本科教育项目，并开始在非洲招生，这是上海市地方高校第一个颁发中国高校本科文凭的海外办学项目。2012年，学校获教育部批准正式成为“接受中国政府奖学金来华留学生院校”。
