土木工程：
二级学科：防灾减灾工程及防护工程
化学工程与技术：
二级学科：应用化学
生物医学工程：
二级学科：生物医学工程
医学：
二级学科：药物化学
管理学：
管理科学与工程：
二级学科：管理科学与工程
工商管理：
二级学科：会计学、企业管理（含：财务管理、市场营销、人力资源管理）、旅游管理、技术经济及管理
农林经济管理：
二级学科：农业经济管理
公共管理：
二级学科：行政管理、社会医学与卫生事业管理（可授管理学、医学学位）、教育经济与管理、社会保障、土地资源管理
图书馆、情报与档案管理：
二级学科：图书馆学、情报学、档案学
此外，云南大学还设有专业学位，包括公共管理硕士专业学位（MPA）、工商管理硕士专业学位（MBA）、法律硕士专业学位、工程硕士专业学位（含软件工程、电子与通信工程领域）等。
