土木工程:
二级学科:防灾减灾工程及防护工程
化学工程与技术:
二级学科:应用化学
生物医学工程:
二级学科:生物医学工程
医学:
二级学科:药物化学
管理学:
管理科学与工程:
二级学科:管理科学与工程
工商管理:
二级学科:会计学、企业管理(含:财务管理、市场营销、人力资源管理)、旅游管理、技术经济及管理
农林经济管理:
二级学科:农业经济管理
公共管理:
二级学科:行政管理、社会医学与卫生事业管理(可授管理学、医学学位)、教育经济与管理、社会保障、土地资源管理
图书馆、情报与档案管理:
二级学科:图书馆学、情报学、档案学
此外,云南大学还设有专业学位,包括公共管理硕士专业学位(MPA)、工商管理硕士专业学位(MBA)、法律硕士专业学位、工程硕士专业学位(含软件工程、电子与通信工程领域)等。