学校设有马克思主义学院、基础医学院、医学院、护理学院、药学院、公共卫生与检验医学院、康复医学与保健学院(中医学院)、口腔医学院、医学人文与信息管理学院、体育艺术学院、国际教育学院、继续教育学院（高等职业教育学院）、第一临床学院、第二临床学院、中医临床学院、怀化临床学院等16个二级教学机构。有国家药物临床试验机构、侗医药研究湖南省重点实验室、新型抗体药物及其智能运输系统湖南省重点实验室、中药合成生物学研究湖南省重点实验室、湖南省呼吸与危重症疾病临床医疗技术示范基地、湖南省多发重症创伤救治临床医疗技术示范基地和湖南省心肌损伤应急处置临床医疗技术示范基地等省部级科研平台7个；脑与神经内分泌疾病湖南省高等学校重点实验室等市厅级科研平台13个；生物医学研究中心等校级科研机构6个；是“中国-巴基斯坦中医药中心”依托单位和“大湘西区域医疗卫生中心建设”牵头单位。
学校是国家执业医师临床类别实践技能考试基地。有直属型、非直属型附属医院12所，编制床位共计13190张，其中三级甲等综合医院7所，三级甲等专科医院5所（中医医院2所、康复医院1所、肿瘤医院1所、妇幼保健院1所）。第一附属医院占地面积17.9万?，编制病床1200张，有心血管内科、呼吸内科、护理学3个省级临床重点建设专科，是国家新药临床试验机构和湖南省慢阻肺同质化培训基地。有毕业实习基地90余个。
学校现有医学、教育学、管理学3个学科门类，开设临床医学、针灸推拿学、医学影像学、口腔医学、预防医学、护理学、药学、医学检验技术、康复治疗学、医学影像技术、中药学、卫生检验与检疫、助产学、食品卫生与营养学、运动康复、健康服务与管理、市场营销17个本科专业和3个专科专业。药学专业为国家级一流专业建设点，临床医学、护理学、药学、医学检验技术为省级一流专业建设点；省级重点专业1个，省级特色专业2个，省级专业综合改革试点专业2个，省级教学团队1个，国家精品资源共享课程1门，省级精品课程5门，省级一流课程19门，省级大学生创新训练中心2个，省级校企合作示范基地3个，省级虚拟仿真实验教学示范中心2个,省级实践教学示范中心2个，省级示范实验室1个。
办学近百年来，学校为社会输送了近10万名医卫人才，特别是为武陵山片区培养了大批“下得去、留得住、用得好”的应用型高素质医卫人才。学校先后获得“全国卫生系统先进单位”“全国学籍管理先进单位”“全国五四红旗团委”“湖南省文明标兵单位”“湖南省就业创业示范校”“湖南省实践教学管理先进单位”等荣誉。
