教育教学改革扎实推进。先后获得一批国家级、省市级教育教学荣誉和成果。国家级包括中央财政支持建设专业2个、实训基地3个，全国健康服务类、养老服务类示范点各1个，国家行业职业教育教学指导委员会教学成果奖1项，主编国家级规划教材6本。省级包括教学成果奖4项，本科教学团队2个，一流专业建设点2个，省级立项建设专业12个，实验教学中心9个，一流课程19门，精品（在线）课程11门，教育教学改革项目42项。市级重点专业5个。2018年以来，在第四、五届全国本科高校青年教师教学竞赛中获二等奖2项；在2021年全国本科高校教师教学创新大赛中获三等奖；在福建省第四、五届本科高校青年教师教学竞赛中，获特等奖2项，一等奖1项，二等奖2项，三等奖1项；在2021年福建省首届本科高校教师教学创新大赛中，获一等奖1项、二等奖2项、专项奖3项，成为全省唯一包揽三项专项奖的学校；学校三度获“最佳组织奖”。
科研创新能力全面提升。现有国家CMA认证的分析测试中心1个，省级科研平台6个，市级科研平台3个。2016年以来，学校承担国家自然基金等各类科研立项660项，横向课题67项；获福建省科技进步奖、自然科学优秀学术论文奖及厦门市医学创新奖等成果；授权国家发明专利等知识产权166项；发表自然社科类和社会科学类论文1674篇。
医教协同发展深入推进。建有2个国家医师资格考试（临床类别和口腔类别）实践技能考试基地，拥有2所直属附属医院、5所非直属附属医院、41所教学医院和91个校外实训基地。
人才培养质量稳步提高。毕业生就业率连续多年保持在99%以上。2021届本科毕业生中，硕士研究生考试报考率近50%，上线率44.3%，录取率30%。学生积极参加全国、全省及海峡两岸各类竞赛，近三年获国家级一等奖34项，二等奖44项，三等奖58项，优秀奖8项；获省级一等奖19项，二等奖32项，三等奖47项，优秀奖10项。2020年，学校首批临床医学专业学生全部参加国家临床医学专业（本科）水平测试，其中理论考试通过率为90.2%，高于全国平均通过率近20个百分点，临床实践技能考试通过率为100%。
对外交流合作逐步扩大。已同德国科隆实践应用科技大学、韩国大田大学、韩国大邱韩医大学、韩国大邱加图立大学、韩国金泉大学、台湾阳明大学、台湾慈济科技大学、台湾辅英科技大学等院校签署了合作协议，广泛开展互派学者、学生交流、科学研究等方面的合作。
目前，厦门医学院正在福建省委省政府、厦门市委市政府的领导下，在学校党委的带领下，坚持党建引领，力争在未来3到5年，办学规模超过一万人，通过高位嫁接，实现弯道超车、跨越发展，走出一条‘医、护、药、技’多学科特色发展之路，建成区域一流的高水平应用型医学本科高校。
