学校积极开展国内外交流合作。与欧洲、亚洲、北美洲、大洋洲的23个国家和地区的53所教育或医疗卫生机构建立了合作关系，其中包括美国达特茅斯学院、加拿大不列颠哥伦比亚大学、英国伦敦大学学院等国际名校；与英国莱斯特大学中外合作办学项目已正式启动，是我国西部地区唯一获批的临床医学中外合作办学项目，也是全国4个临床医学本科中外合作办学项目之一；同时，与复旦大学、西南大学等“双一流”建设高校开展长学制医学生的联合培养。
学校现有直属附属医院9所（综合性医院5所，儿童医院、口腔医院、康复医院、中医院各1所）。附属第一医院、附属儿童医院、附属第二医院连续9年入选“中国最佳医院排行榜”百强（复旦大学医院管理研究所发布），2019年度分别排名第56位、第58位、第98位。各直属附属医院共拥有国家临床重点专科28个，编制床位14100余张，年门诊量近1200万人次，年收治住院病人40余万人次。此外，学校还有27所非直属附属医院和18所教学医院，分布在重庆、成都、西安、深圳等地。
