学院拥有4所直属附属医院、7所非直属附属医院和直属临床病理诊断中心，另有29所教学医院、100个实习基地，附属医院编制床位14600张，能够很好地满足临床教学和生产实习需要。近年来，学院大力推进学术型医院建设，深入实施医教协同，全面促进附属医疗机构医教研一体化发展。三所直属附属医院均为三级甲等医院，已获批成为国家级住院医师规范化培训基地、国家临床药师培训基地，国家呼吸与危重症医学科(PCCM)规范化认证医院、国家级肿瘤（消化系统）多学科诊疗试点医院，中国肺癌防治联盟肺结节诊治分中心、国家呼吸系统疾病临床医学研究分中心，国家标准版胸痛中心认证单位、国家标准化代谢性疾病管理中心认证单位、全国第一批乳腺癌规范诊疗质量控制试点中心、第六批中国心衰中心建设单位。
