学校拥有博士学位一级学科授权点9个（基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、生物学、生物医学工程、公共管理、药学、护理学、口腔医学），二级学科授权点62个；硕士学位一级学科授权点11个，二级学科授权点64个；博士后科研流动站5个。拥有国家重点学科2个、国家重点培育学科1个，国家临床重点专科建设项目33个。在第四轮学科评估中，1个学科进入A类（A-）、8个学科进入B类（2个B+、3个B、3个B-）。有国际合作联合实验室2个，省部共建国家重点实验室培育基地1个，教育部重点实验室4个，卫健委重点实验室3个，省级重点实验室18个，省普通高校重点实验室11个。学校有5所直属附属医院，其中4所为“三级甲等”医院和全国“百佳医院”。
学校有国家级实验教学示范中心4个，国家级虚拟仿真实验教学中心1个。“十三五”以来，主编教育部、卫健委规划教材及再版规划教材44部。获批教育部卓越医生教育培养计划改革试点项目3项。获国家视频公开课程4门，国家资源共享课程12门，国家精品在线开放课程1门、国家级一流本科课程10门。共获国家级教学成果奖16项，省级教学成果奖145项。
“十三五”以来，学校获得各级各类科研项目5014项，科研经费总额达到 7.55亿元。国家自然科学基金739项，其中重点重大项目18项。获得各级奖励474项，国家科技进步二等奖1项，高等学校科学研究优秀成果奖一等奖2项，中华医学科技奖一等奖1项。黑龙江省医学科学院获得各级各类科研课题83项，其中，主持国家科技部项目5项，参与国家科技部项目18项，省级项目60项，科研经费总额达到1.69亿元。
抗心律失常药物作用最佳靶点的研究，中国人类基因组计划研究，精准肝脏外科技术研究，同种异体劈裂脾移植研究，三氧化二砷治疗M3型白血病和治疗实体瘤的研究，大骨节病病因学研究，心脏移植、双手移植、单前臂移植和大肠癌综合治疗等在国内外具有较大的影响。
主办《中国地方病学杂志》、《国际遗传学杂志》、《国际免疫学杂志》、《哈尔滨医科大学学报》等6种专业杂志。先后同美国、日本、加拿大、英国、俄罗斯、德国、韩国等10余个国家的百余所院校和研究机构建立了友好合作关系。
学校坚持以高水平的医学本科教育为基础，以学科建设为根本，优先发展研究生教育和长学制医学教育的办学思想，突出办学特色，加快推动一流大学和一流学科建设，努力打造百年医学强校，奋力谱写国内一流、国际有影响的高水平医科大学的美好篇章！
