国家级一流本科专业建设点：中医学、中药学、中西医临床医学、康复治疗学
国家特色专业：中医学、中药学、针灸推拿学
国家重点学科（4个）：中医外科、中药学、中医内科、中医骨伤科学
国家重点（培育）学科（2个）：中医医史文献学、针灸推拿学
国家中医药管理局中医药重点学科（38个）：药用植物学、中医诊断学、中医各家学说、中医药工程学、中医肝胆病学、中医传染病学、中医肾病学、中医肿瘤病学、中医肛肠病学、中医骨伤科学、中西医结合临床、针灸学、推拿学、古汉语与医古文、内经学、中西医结合基础、中医基础理论、中医复杂科学、中医史学、中医文化学、中医文献学、中医痹病学、中医疮疡病学、中医护理学、中医急诊学、中医乳腺病学、中医养生学、中西医结合临床、中医全科医学、中西医结合临床、中医护理学、中医药信息学、中医“治未病”学、中医康复学、中医皮肤病学、中医血液病学、中医儿科学、中医神志病学
上海市“重中之重”学科（1个）：中药学
上海市重点学科（9个）：中医妇科学、中医诊断学、中医系统实验方剂学、中医医史文献、中药学、针灸推拿学、中医骨伤科学、中医外科学、中医内科学
上海高校一流学科（6个）：A类-中药学；B类-中医学、中西医结合、科学技术史；培育-护理学、药学
上海高校高峰高原学科（4个）：I类高峰-中药学、I类高峰-中医学、I类高峰-中西医结合、I类高原-科学技术史
上海市教育委员会重点学科（5个）：中药临床药理学、中药药剂学、中医诊断学、中医脾胃病学、中西医结合基础
ESI全球前1%学科（2个）：临床医学、药理学与毒理学
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