学校不断加强产学研合作，与黄山、亳州、六安等15个市县人民政府及一大批国内知名中医药企业签订合作协议，建有50余个产学研合作基地。学校紧跟地方建设需求，围绕以中医药为主的科技开发和科技服务，加强与地方政府和相关企业多层次、多方位、多模式的全面合作，开展科技攻关、企业新产品开发、技术咨询与服务等方面合作，并制定相关政府中药材发展规划。建立了安徽省中药材科技产业战略联盟，获“全国科技特派员工作先进集体”、“中医药科技管理工作先进集体”、“推动中医药学术发展特别贡献奖”等称号和荣誉。
2016年以来，为地方政府制定发展规划10余项；承担了200余项校企合作课题，年均横向合作科研经费超1000万元，与企业共建科技合作平台15个；作为主要技术支撑单位参与推进“十大皖药”产业示范基地建设；指导亳州、六安、黄山、池州、宣城、滁州、安庆、阜阳等地区药农中药材种植，受益人群上万人。实现学校优势学科与地方产业布局的有效对接，在提升企业技术创新力的同时，带动地方经济发展。
学校与美国、澳大利亚、德国、希腊、马来西亚、日本等20多个国家和地区的40多个医疗和教育机构建立了友好合作关系。先后有10多个国家和地区的学员来校攻读博士、硕士、学士学位以及参加中短期培训。
学校注重提升医疗服务水平，第一附属医院是全省最大的三级甲等综合性中医医院；第二附属医院是全国首家也是规模最大的三级甲等针灸专科医院；第三附属医院是国家第三批重点建设的中西医结合医院；国医堂是一所以纯中医方式为主要医疗手段的医疗单位。
目前，学校已发展成一所以中医药学科为主，相关学科协调发展，办学层次齐全，中医药特色鲜明的高等中医药院校。面向未来，学校将继续坚持“质量立校、人才兴校、科技强校、文化塑校、依法治校、开放荣校”六大战略，着力培育“精诚是新”中医药人才，构筑安徽中医药协同创新高地，引领安徽中医药事业产业发展，建成国内有实力、省内高水平、行业有影响的中医药特色鲜明的地方高水平大学，为建设现代化五大发展美好安徽、服务人民大众健康做出更大贡献。
