学校现有肿瘤疾病防治、脑卒中防治等4个黑龙江省重点实验室；拥有中俄医科大学联盟“慢病与药物研究中心”、省生物医药技术服务平台、省高校校企共建工程技术研发中心，以及省内唯一的省科技厅、牡丹江市政府、牡丹江医学院共建医药研发平台。
学校重视科学研究和学科建设，大力推进科技创新，先后获得国家技术发明奖二等奖1项和省部级科学技术奖一等奖2项。近五年，获省部级科学技术奖24项，“双聘教授”获国家自然科学奖二等奖和科技进步奖二等奖各1项。获得科研项目1174项，其中国家自然科学基金、国家重点研发计划、省自然科学基金重点项目等科研立项80项；在国内外学术刊物发表论文3980篇，在Cell Research、Cancer Cell等国际高水平期刊发表了多篇论著；主编、参编人民卫生出版社、科学出版社和高等教育出版社教材116部；《牡丹江医学院学报》国内外公开发行。
学校图书馆馆藏纸质图书102.37万册，电子图书75.49万种，数据库15个，拥有性能先进的电子图书系统和计算机网络服务体系。
学校有附属医院8所，教学医院、实习医院等实践教学基地100家。附属红旗医院是全国首批住院医师规范化培训基地，床位1600张。
学校与俄罗斯太平洋国立医科大学、美国田纳西大学、菲律宾法蒂玛大学等国外院校建立了交流与合作关系。
学校秉承“立德立行、唯实唯新”的校训，弘扬“执着、爱校、求实、合作、创新、奉献”的牡医精神，坚持“人本、厚德、尚能、强技”的办学理念，突出“以德为先，注重人文，强化实践，服务基层”的办学特色，注重学生实践能力的培养，毕业生综合素质和适应能力不断提高，受到用人单位的欢迎，得到了社会的广泛认可。
建校以来，学校共培养医学、药学等专业毕业生7万余人，大部分已成为基层医疗卫生事业现代化建设与发展的重要人才源，为黑龙江省和全国医药卫生事业发展作出了重要贡献。
