学校现有第一临床医学院（北京中医药大学东直门医院）、第二临床医学院（北京中医药大学东方医院）、第三临床医学院（北京中医药大学第三附属医院）3家直属附属医院和国医堂中医门诊部。近年来，学校遵循“引导医疗卫生工作重心下移、资源下沉”原则，探索合作共建新模式，搭建了区域标志性的高质量中医药服务平台，建立第四临床医学院（北京中医药大学枣庄医院）、第五临床医学院（北京中医药大学深圳医院）、第六临床医学院（北京中医药大学房山医院）、第七临床医学院（北京中医药大学孙思邈医院）和第八临床医学院（北京中医药大学厦门医院）。另有中日友好医院、广安门医院、西苑医院、望京医院、北京中医医院等16个临床教学基地，承担着全校学生的临床教学、见习、实习工作。学校现有国家临床重点专科17个，国家中医药管理局重点专科44个。建设有国医大师传承工作室6个，全国名中医传承工作室3个，全国中医学术流派传承工作室2个和全国名老中医药专家传承工作室40个，北京中医药“薪火传承3+3工程”二室一站44个。
建校伊始，学校就成为新中国最早接收外国留学生攻读中医学的高等中医药院校，到目前已为94个国家和地区培养了2万余名中医药专门人才，并先后与31个国家和地区的118所知名大学和研究机构建立合作关系。1996年与英国密德萨斯大学合作设立了我国第一个在国外高校独立颁发医学学士学位项目。率先在世界50强高校中开办中医学专业本科教育，与新加坡南洋理工大学合作开设“中医学-生物学”双学士学位教育。与西班牙巴塞罗那大学医学院合作开设获欧盟认可的第一个中医学硕士学位项目。开设我国首个全英文授课西医生学习中医的博士学位项目、硕士学位项目，首个全英文授课中医学士学位项目。2019年与美国国家儿童医院合作，在美国建设具有中医特色的中西医结合儿科门诊，持续推动传统医学和现代医学的融合与发展。
学校于1991年在德国建立北京中医药大学魁茨汀中医医院，开创了中国大学在海外办中医特色医院的先例，成为中医药走向世界的典范。2012年，与日本学校法人兵库医科大学合作建立中医药孔子学院，将中医药课程纳入现代医学教育体系，实现了文化交流与专业教育的有机融合。学校的国际化发展不断探索创新，首创了集医疗、教育、科研与文化传播于一体的“海外中医中心”，为中医药海外发展提供了行之有效的“北中医方案”，先后建立北京中医药大学澳大利亚中医中心、俄罗斯中医中心、美国中医中心、中国-德国中医药中心（魁茨汀），把中医药打造成中外人文交流、民心相通的亮丽名片。俄罗斯中医中心成功取得俄罗斯联邦医疗机构资质，成为俄罗斯第一家被纳入国家医疗保险体系的中医特色医院。澳大利亚中医中心积极推动针对西医生的中医学历教育，两届中医学硕士学生已经成功毕业。美国中医中心瞄准中医特色及医学前沿，围绕癌症、癫痫、儿科疾病、生殖疾病等成功举办多次高端学术会议，正成为中美两国在医学领域开展学术交流与对话的重要平台。
学校主办有国家级学术期刊《北京中医药大学学报》《现代中医临床》《中医教育》和《中医科学杂志》（英文），是中医药学术交流的重要园地，其中《北京中医药大学学报》连续5次荣获“百种中国杰出学术期刊”称号。
迈入新时代，学校将以*思想为指引，不忘初心，牢记使命，坚持*，落实立德树人根本任务，为全面建成世界一流中医药大学而不懈奋斗！
