学校建有江宁校区、五台校区以及康达学院连云港校区。江宁校区位于南京市江宁区大学城，占地面积1300亩，是行政、教学和科研中心。五台校区位于南京市鼓楼区五台山南麓，占地120亩，是临床教学和研究中心。学校馆藏图书文献资料丰富，拥有中文（外文）纸质图书、电子图书、全文电子期刊共一千多万册，是江苏省医学图书中心馆和高校文献保障系统医学文献中心。学校主办有11种学术期刊。
近年来，学校广泛开展对外交流活动，积极与国内外的高等院校建立形式多样的联系与合作。学校与美国、加拿大、澳大利亚、瑞典、日本、台湾、香港等国家和地区的医学院校或科研机构建立了双边合作、学术交流关系。学校于2002年恢复招收留学生和港澳台学生，现有在校留学生和港澳台侨学生1000多人。
“十三五”以来，全校师生医护员工凝心聚力、统筹施策、开拓创新、改革攻坚，努力把学校建成国际知名、特色鲜明的高水平研究型医科大学。
