学校现有4个一级学科博士学位授权点、13个一级学科硕士学位授权点、1个二级学科硕士学位授权点，7个专业学位硕士学位授权点、3个博士后科研流动站。拥有国家一流建设学科1个、国家重点学科1个、上海高校高峰高原学科3个、上海高校一流学科3个、省部级重点学科9个。植物与动物科学、农业科学两个学科进入ESI国际学科排名全球前1%，水产学科在全国第四轮学科评估中获A+评级。拥有国家工程技术研究中心1个、国家工程实验室1个、科技部国际联合研究中心1个、国家大学科技园1个；教育部等省部级重点实验室及平台30余个。建有国际海洋研究中心、中澳国际合作研究中心、远洋渔业国际履约研究中心、海洋科学研究院等一批校级科研平台。拥有我国第一艘远洋渔业资源调查船“淞航”号、我国唯一的CNAS、CMA、DNV GL和USCG资质认定的船舶压载水实验室，建设亚洲最大世界第三的动水槽，研制万米级着陆器成功到达10918米深渊。是上海市水产学会、上海市食品学会、上海市渔业经济研究会指导单位。2011年以来，在自然科学和人文社会科学方面取得多项突破性研究成果，以第一完成单位获国家级科技进步奖1项、省部级奖36项。学校发挥学科与科研特色优势，服务社会成果显著。2011年以来辅导台湾地区苗栗县农户养殖大闸蟹，开创两岸农业合作的范例；组建“渔业科技教授博士服务团”遍及全国开展科技服务，助力西藏、新疆、陕西、贵州等地精准扶贫，成效显著，项目入选教育部第二届省属高校精准扶贫精准脱贫典型项目；远洋渔业国际履约团队自上世纪90年代开始代表国家全面承担履行区域渔业管理公约任务，为维护我国远洋渔业权益做出了重要的贡献，入选首批“全国高校黄大年式教师团队”。
学校现有上海市浦东新区沪城环路校区、杨浦区军工路校区2个校区，另有滨海基地386亩、象山科教基地56.7亩。其中，主校区沪城环路校区占地约1600余亩，规划建设面积58.6万平方米。拥有现代化校园网络，建有中国远洋渔业数据中心和海洋科学超级计算中心。现有纸质图书150万余册，电子图书111万余册，数据库64个，馆藏资源突出学校的海洋、水产、食品特色。2016年主办中国大陆地区第一本水产类英文期刊Aquaculture and Fisheries，被Scopus及美国生命科学文摘索引数据库（BP）和生物学文摘（BA）三大数据库收录。主办的《水产学报》《上海海洋大学学报》为中文核心期刊、中国科技核心期刊和中国科学引文数据库（CSCD）来源期刊，其中，《水产学报》获“中国百强报刊”“中国精品期刊”“百种中国杰出学术期刊”等称号。
学校与美国、日本、韩国、澳大利亚等国家（地区）的大学和国际组织有着密切交流与合作，与31个国家和地区的125所高校、科研机构签署合作协议，与联合国粮农组织、亚洲水产学会等建立了长期友好合作关系。通过游学、交换生等派出学生770余人；与东京海洋大学、韩国海洋大学“基于‘中日韩教育一体化’的海洋科学技术领域共同教育计划”的“亚洲校园”、与西班牙和葡萄牙的学分互认Erasmus项目等短期、双学位学习项目，为师生进一步拓展国际化视野、培养国际交往能力、提升国际竞争力提供了平台。
学校新时代的发展目标是：2035年，成为在国际上有重要影响的高水平特色大学。到本世纪中叶，将学校建设成为世界一流特色大学。
