2000年，原吉林大学、吉林工业大学、白求恩医科大学、长春科技大学、长春邮电学院合并组建新吉林大学。2004年，原中国人民解放军军需大学转隶并入。
学校学科门类齐全，下设51个教学单位，涵盖哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、管理学、艺术学、交叉学科等13大学科门类；有本科专业139个，一级硕士学位授权点63个，一级学科博士学位授权点49个，交叉学科博士学位授权点2个，硕士专业学位授权点33个，博士专业学位授权点6个；博士后科研流动站44个；有一级学科国家重点学科4个（覆盖17个二级学科），二级学科国家重点学科15个，国家重点（培育）学科4个。18个学科（领域）的ESI排名进入全球前1%，其中2个学科排名进入全球前1‰。
学校师资力量雄厚，有专任教师6543人，其中教授2367人。中国科学院和中国工程院院士11人，哲学社会科学资深教授7人，外聘杰出教授52人，国务院学位委员会学科评议组成员20人，“万人计划”入选者49人，国家级教学名师6人，国家“百千万人才工程”入选专家31人，国家杰出青年基金获得者38人，国家优秀青年基金获得者48人，吉林省“长白山学者”入选者89人。
学校现有国家重点实验室5个，国家工程实验室1个，国家地方联合工程实验室6个，国家工程技术研究中心1个，国家国际科技合作基地4个，教育部人文社会科学重点研究基地6个，教育部重点实验室11个（其中包含2个筹建的教育部重点实验室），教育部工程研究中心5个，教育部国际合作联合实验室1个，教育部省部共建协同创新中心3个，教育部野外科学观测研究站1个，其他行业部委重点实验室20个。学校承担了大量国家级和省部级科研项目，产出了一批产业化前景好、技术含量高的高新技术成果。
学校已建立起学士－硕士－博士完整的高水平人才培养体系。在籍学生73591人（全日制70350人、非全日制3241人），其中预科生153人，本科生41523人，硕士生21454人（全日制18625人、非全日制2829人），博士生9220人（全日制8808人、非全日制412人），留学生1227人。
学校聚焦名校合作，逐步完善全球网络布局，目前已经与40个国家和地区的302所高校和科研机构建立了合作关系。其中，排名世界前100的48所，前200的67所。学校与12个国家的高校和科研机构合作共建了40个中外合作平台。
学校坚持“统筹谋划、规范管理、科学运营”的指导方针，采用“校企分开，放管结合”管理模式，打造“以资本为纽带、以市场为导向、以‘学校-吉大控股-投资企业’为核心”的管理机制，积极深化校办产业改革。依托学校科技、人才优势，通过校地联动、校企合作、扶持自主创业等多种方式，推进学校科技成果产业化。目前，吉大出版社、吉大致远、吉大通信等企业发展势头良好。
学校校园占地面积727万平方米（其中珠海校区149万平方米），校舍建筑面积272.9万平方米。学校在珠海市建有珠海校区，占地面积149万平方米。学校图书馆各类藏书793.89万册，是中国高等教育文献保障系统（CALIS）东北地区中心，大学数字图书馆国际合作计划（CADAL）项目成员馆，中国高校人文社会科学文献中心（CASHL）东北区域中心。
学校以“学术立校、人才强校、创新兴校、开放活校、文化荣校”为发展战略，努力建设成为在国家和区域经济社会发展中具有重要地位的高素质创新人才培养、高水平科学研究和成果转化、高质量社会服务、高起点国际交流合作、先进文化引领的重要基地；成为让学生全面发展、让教职工引以自豪、让社会高度赞誉、让世界广泛认同的大学。到建校100周年时，把吉林大学建成中国特色世界一流大学。
在建设世界一流大学的进程中，吉林大学将努力做到在关心国家命运、服务国家战略上有所作为，让党和国家满意；在勇担社会责任、满足社会对优质高等教育不断提高的要求上有所进步，让广大人民群众满意；在坚持以人为本、实现好维护好发展好学校广大师生员工根本利益上有所建树，让广大师生员工满意。
