上海科技大学高校排名

上海科技大学高校排名

上海科技大学2022年在全国本科院校排名第385位，本省大学排名第24位。

上海科技大学最新消息资讯

近日，我校iHuman研究所水雯箐课题组与信息学院何旭明课题组合作在Nature Communications期刊发表了题为 “DeepPhospho accelerates DIA phosphoproteome profiling throughin silicolibrary generation” 的研究论文，探索利用新型深度神经网络挖掘蛋白质组数据。该工作创建了DeepPhospho谱图预测模型，并为数据非依赖型（DIA）磷酸化蛋白质组的数据解析提供了一套新流程。该流程能够大幅提升对细胞内磷酸化蛋白质及其修饰位点的鉴定数目，同时保证位点鉴定和磷酸化水平定量的高准确度和可重复性。利用该流程对同一套组学数据进行重新挖掘，相比于常规的生物信息学流程能够发现更多的细胞生长因子介导的信号通路和调控的下游激酶。

蛋白质磷酸化是最常见和功能最重要的一种翻译后修饰，几乎所有的细胞信号通路都受到磷酸化修饰的精密调控。近年来，基于质谱的磷酸化蛋白质组研究描绘出大量蛋白质的磷酸化修饰图谱，极大程度地加深了对信号转导网络调控的全局性认识，也发现了不少与信号通路失调相关的潜在药物靶点。由于功能性磷酸化位点的修饰水平通常较低，如何在高通量分析磷酸化修饰的同时保证位点鉴定的准确性，并获得精确的定量调控信息，这是磷酸化蛋白质组学面临的关键技术挑战。

数据非依赖性（DIA）数据采集是一种新型的质谱数据采集方法，理论上可以数字化保存生物样品蛋白质组的全部信息。但DIA数据结构极为复杂，数据解析通常需要在预实验中建立大容量的参考谱图库，这个建立参考库的要求明显加大了DIA组学实验的难度和样品消耗量。本研究工作首先建立了DeepPhospho神经网络模型，用于对DIA谱图数据的预测（图1），并在性能测试上优于已发表的谱图预测模型。而后，研究者利用DeepPhospho构建完整的人源磷酸化蛋白质组的预测谱图库（图2），借助迭代式检索策略对DIA质谱数据进行深度挖掘。对同一套数据的比较研究发现，该新流程能获得数目最多的磷酸化肽段与磷酸化位点的序列和定量信息，并且省去对实验参考库的需求，显著简化了实验过程。为便于新工具的推广使用，DeepPhospho还提供了在线网站版和离线工具包。

上海科技大学水雯箐教授和何旭明教授为该工作的共同通讯作者，生命学院博士研究生娄容珲和信息学院硕士研究生刘伟振为共同第一作者，信息学院博士研究生李荣颉和iHuman研究所研究助理李珊珊为本课题做出了重要贡献。上海科技大学为第一完成单位。该工作得到了科技部、国家自然科学基金、上海市科委以及上科大科研启动基金的支持。

上海科技大学王牌专业名单

2020年度市级一流本科专业建设点：计算机科学与技术

2019年度市级一流本科专业建设点：物理学

上海科技大学院校介绍

上海科技大学（ShanghaiTech University，简称上科大、ShanghaiTech）是一所由上海市人民政府与中国科学院共同举办、共同建设，由上海市人民政府主管的全日制普通高等学校，2013年9月30日经教育部批准同意正式建立。学校致力于服务国家经济社会发展战略，培养科技创新创业人才，提供科技解决方案及发挥思想库作用，积极投身高等教育改革、参与上海科创中心建设，努力建设一所小规模、高水平、国际化的研究型、创新型大学。

学校位于上海—浦东新区—张江高科技园中区，是建设中的张江综合性国家科学中心的重要组成部分，与上海同步辐射光源、国家蛋白质科学研究（上海）设施、中科院上海高等研究院、上海微小卫星工程中心、中科院上海药物所新药研发平台等国家级大科学设施和科研机构融为一体，与张江高新区的产业界、投资界有机衔接。学校新校园占地约900亩，总建筑面积约70万平方米，校园建设充分体现“学生教师为本，教学科研融合，绿色环保智能”的规划设计理念，2015年底基本建成，2016年全面投入使用。

学校以理工科为主，设立物质科学与技术学院、生命科学与技术学院、信息科学与技术学院、创业与管理学院、创意与艺术学院、人文科学研究院和生物医学工程学院，实行大学院制，学院下不设系。学校设立免疫化学研究所、iHuman研究所、数学科学研究所、大科学中心。

学校按照1:10?1:12的师生比建设一支1000人规模的教授队伍，规划选聘500位常任教授和500位特聘教授。其中，常任教授主要来源于国际著名大学的知名学者和优秀青年学者，实行常任教授制（Tenure System）；特聘教授主要来源于中科院上海分院研究院所的优秀科学家以及国内外著名教授。截至2021年9月，学校已选聘594位教授（特聘教授276位，常任教授到位297位，教学教授21位），其中包括诺贝尔奖获得者4位、中国科学院院士36位、中国工程院院士3位、美国国家科学院院士11位、美国人文和科学院院士8人、英国皇家学会院士3位。

2014年学校开始招收首届本科生，迄今已连续招收了8届2884名本科生，2021年面向全国18个省（市）选拔招录了430名本科生。2013年-2016年，学校与中国科学院大学联合招收培养硕士和硕博连读研究生。从2017年起，学校开始独立招收培养硕士和硕博连读研究生。迄今已连续招收了9届5047名研究生，其中1421名已转博。学校规划在校生规模为本科生2000名左右，研究生4000名左右。截至2021年9月，学校共有在校生5006名，其中本科生1712名，硕士研究生2311名，博士研究生983名。