科研工作一直是学校发展的先行力量，不仅以国内第一艘实验潜艇、第一艘水翼艇、第一台舰载计算机、第一套条带测深仪等数十项填补国内空白的重大科研成果著称，而且还以双工型潜器、气垫船、梯度声速仪等成果曾摘取世界第一的桂冠。学校在船海核领域保持着很强的技术储备，水下机器人、减振降噪、船舶减摇、船舶动力、组合导航、水声定位、水下探测、核动力仿真、大型船舶仿真验证评估、高性能舰船设计等技术居国内领先或国际先进地位，现已成为我国舰船科学技术基础和应用研究的主力军之一、海军先进技术装备研制的重点单位、我国发展海洋高技术的重要依托力量。当前，学校是我国首座数值水池虚拟实验系统的联合牵头研制单位，是我国第七代超深水半潜式钻井平台、两万箱超大型集装箱船、智能船舶核心设计研发单位。为我国首条三体搜救艇、万吨集装箱船、豪华游轮、钻井平台等新船型开发及深海工程装备研发提供了全面的基础技术支撑。在国内首次完成5艘UUV水声组网。学校研制的悟空号深潜器成功自主下潜至7709m，是目前我国自主下潜最深的无人无缆深潜器。学校研制深水高精度水下综合定位系统，保障蛟龙号、深海勇士号、奋斗者号多次深潜任务，获国家技术发明二等奖并入选中国高校十大科技进展；研制新型水下无人潜器并列装部队，填补了我国水下无人作战装备空白，亮相装备发展成就展和国庆70周年阅兵，获国防科技进步特等奖；作为第三方验证评估单位全过程支撑航母工程实施，获国家科技进步二等奖。 “十三五”以来，承担各类项目5700余项，获得省部级以上科技奖励130余项。学校获评“高技术武器装备发展建设工程突出贡献奖”、“航母建设突出贡献奖”和首届“国防科技工业突出贡献奖”。科研产品质量管理通过ISO9000质量体系认证，是国内高校首家通过“双认证”的大学。中国-俄罗斯极地技术与装备“一带一路”联合实验室成为首批14家国家认定的实验室，也是唯一一个国家对俄科技合作平台。牵头成立“深海工程与高技术船舶”“核安全与仿真技术”协同创新中心，获工业和信息化部认定；“舰船动力”“先进海洋材料”协同创新中心获黑龙江省认定。学校设有国家大学科技园，获评“国家级科技企业孵化器”。学校人均科研经费位居全国高校前列。
学校坚持国际化、开放式办学。与包括英国南安普顿大学、挪威科技大学、葡萄牙里斯本大学、俄罗斯圣彼得堡国立海洋技术大学以及国际原子能机构、世界五大船级社等世界一流大学、研究机构、国际组织和企业在内的25个国家100余个单位建立了良好稳定的合作关系。学校积极开展中外合作办学，引进世界一流大学优质教育资源。与英国南安普顿大学联合成立“哈尔滨工程大学南安普顿海洋工程联合学院”，是教育部批准的中英首个船海特色合作办学机构；与英国阿伯丁大学、英国斯旺西大学开展中外合作办学项目。与乌克兰国立南方师范大学联合成立“孔子学院”，荣获全球“先进孔子学院”称号。学校是“中国政府奖学金”“国家建设高水平大学公派研究生”“创新型人才国际合作培养”项目实施高校，2017年以来学校先后成为“中国政府原子能奖学金”项目、“中国政府海洋奖学金”项目、“居里夫人奖学金”项目委托培养单位，获高教学会“全国来华留学工作先进集体”称号。学校牵头成立国际船舶与海洋工程创新与合作组织（简称ICNAME），是“北极大学联盟”“中巴经济走廊大学联盟”成员单位。学校每年选送500名教师赴国（境）外进修、讲学和科研合作，每年选派900多名学生到国际知名大学交流学习和访问。每年接收1500名左右国际学生来校进修学习。
近70年来，学校坚持和发扬老一辈革命家倡导培育的“哈军工”精神，形成了“以祖国需要为第一需要，以国防需求为第一使命，以人民满意为第一标准”的价值追求，凝炼了“大工至善，大学至真”的校训，形成了“忠诚、坚韧、团结、创新”的校风、“治学严谨、组织严密、要求严格”的教风和“严谨、求实、勤奋、创新”的学风。当前，学校完整、准确、全面贯彻新发展理念，以服务国家工业化、信息化、国防现代化及龙江振兴发展为使命，以“双一流”建设为统领，坚定不移走内涵式发展道路，不断提升办学质量和水平，紧紧抓住“三海一核”领域及东北振兴的国家战略机遇，以敢为的自信、必成的劲头、开放的眼界、合作的气度，开启全面创建特色鲜明世界一流大学新航程。
