学校现有国家级实验研究基地1个，省部共建国家级重点实验室1个，国家级国际联合研究中心1个，教育部省部共建实验室1个，教育部高等学校学科创新引智计划1个，教育部国际合作联合实验室1个，教育部省部共建协同创新中心1个，教育部工程研究中心1个，自治区级重点实验室13个，自治区临床医学研究中心4个，自治区工程研究中心1个，自治区研究所24个。连续6年获得2项以上自治区科技进步奖一等奖，自治区科技进步奖数量稳居全疆高校之首。
学校不断加强与国内外知名高校的交流合作，与中南大学、吉林大学、北京中医药大学建立了全面对口支援协作关系，与复旦大学、中山大学、中国药科大学、南京医科大学、温州医科大学等20余所大学建立了深层次共建合作关系。与美、俄、日、英、法、德、巴基斯坦等多个国家的大学及研究机构建立了校际合作关系。成为自治区首批来疆留学高校示范基地、首批接受政府奖学金的高校，被教育部授予来华留学生教育先进集体，培养了来自印度、巴基斯坦、哈萨克斯坦等39个国家的百余名研究生、上千余名本科生。
立足新时代，开启新征程。新疆医科大学将*思想伟大旗帜，紧紧围绕立德树人根本任务，肩负“健康中国”战略历史使命，不忘初心、矢志奉献，努力打造集医学教育、医疗服务、医学研究、健康产业“四位一体”的航空母舰，努力办好党和人民满意的医科大学，为建设*新疆贡献力量。
