学院主动融入粤港澳大湾区建设，紧贴行业发展，准确定位，突出“中医产业”和“南药产业”发展优势，构建了涵盖健康产业链的专业结构完整体系，现设9个二级学院：基础医学院、护理学院、临床医学院、中医学院、南药学院、医学技术学院、食品学院、马克思主义学院、继续教育学院；31个专业：中医学（国控专业）、针灸推拿（国控专业）、中药学、药学、护理、中医康复技术、康复治疗技术、医学美容技术、中医养生保健、药品质量与安全、药品经营与管理、中药制药、中药材生产与加工、食品质量与安全、助产、健康管理、医学影像技术、医学检验技术、老年保健与管理、现代家政服务与管理、临床医学（国控专业）、预防医学（国控专业）、口腔医学技术、生殖健康服务与管理、呼吸治疗技术、智慧健康养老服务与管理、婴幼儿托育服务与管理、眼视光技术、智能医疗装备技术、食品智能加工技术、食品检验检测技术31个专业，其中中药学被认定为省级二类品牌专业。目前学院正在大力推行中药学、中医康复技术、现代家政服务与管理、药学、医学影像技术等5个具有鲜明中医药特色的专业群，为国家、省、粤港澳大湾区以及行业产业培养合格的建设者和接班人。
