学校面向世界科技前沿、面向经济主战场、面向国家重大需求、面向人民生命健康，秉承“以药学研究为特色，向大健康产业全域延伸”的发展思想，建成了集科技创新、技术孵化、成果转化、药品监管服务于一体的“3+1”型药物创新体系。体系拥有省部级以上科技创新基地54个，包括国家药物创新综合性平台、国家药品监管科学研究基地、基于靶点的药物设计与研究教育部重点实验室和中药质量控制技术国家地方联合工程实验室等，涵盖了新药临床前研发完整技术链，部分功能与国家药物创新体系接轨。
学校瞄准大健康产业发展需求，坚持问题导向，加强原创性、引领性科技攻关，在创新药物设计与发现、药物递送系统开发、新药筛选、药物质量控制、中药资源开发与利用、药品监管科学研究等领域取得长足进步，多相脂质体、粉体学、中药质量化学模式识别、脑科学研究、“配体包埋式”主动靶向纳米粒、前体药物、毒理代谢、计算机辅助药物设计等多领域处于国际领先技术水平，先后获得国家科技进步奖一等奖 1 项、二等奖 2 项，技术发明奖三等奖 1 项；获得新药证书137 个，其中一类新药证书10个。改革开放以来，学校累计向企业转化科技成果4400余项，合同额15亿元，其中合同额超亿元重大成果4项，帮助医药行业增加产值数百亿元。学校联合地方政府、科研院所、制药企业，共同构建沈阳药科大学科技园、辽宁省生物技术与生命健康产业技术研究院、辽宁省生物医药科技成果转化和技术转移基地、辽宁省高等学校现代制药产业技术研究院和辽宁省技术转移示范机构等产学研合作平台，实现科技成果与创新人才的有效供给。牵头成立国家创新药物产学研战略联盟、辽宁省现代制药产业校企联盟，成员单位近100家。
学校面向世界、开放办学，先后与美国、英国、丹麦、俄罗斯、日本、韩国等20个国家和地区的72所高等院校及科研机构建立了长期稳定合作关系；加大海外人才的引智力度，建立了1个国家级引智基地，每年聘请几十位国际知名专家学者来校讲学或科研合作；积极拓展国家公派、联合培养、交换学习、海外实习基地建设等国际交流项目；与国外高水平大学开展深层次合作，引入国际先进教育理念和优质教育资源，提升国际化办学水平。
新时期，沈阳药科大学以*思想为指导,坚持学校党委“1，1，2，3，4”工作方针，制定了面向大健康领域，加快建设特色鲜明、多学科交叉、国际知名、国内一流的药科大学发展目标，明确了以教育教学为中心，以人才培养、科学研究、服务社会、国际交流合作为职能，以“团结、勤奋、求实、创新”的校训及红色基因、红色传统为文化传承，开创学校发展建设的新局面，为东北地区经济和社会发展、为我国高等教育事业发展、为实现中华民族伟大复兴的中国梦做出更大贡献。
