学校坚持以学生为中心，着力推进9年本博一贯制和“5+3”一体化中医拔尖人才培养模式改革，入选国家“卓越医生(中医)教育培养计划改革”首批试点高校。现有卓越医生(中医)教育培养计划改革试点项目3个，国家级特色专业建设点5个，国家级专业综合改革试点项目2个，国家级精品资源共享课程6门，国家级教学团队2个，国家级人才培养模式创新实验区1个，国家级虚拟仿真实验教学中心1个，国家级实验教学示范中心3个，国家级大学生校外实践教育基地1个，国家级规划教材(主编)33部，国家级教学成果4项。建设有南京中医药大学附属医院(江苏省中医院)、南京中医药大学第二附属医院(江苏省第二中医院)、南京中医药大学附属南京八一医院(中国人民解放军第八一医院)3家直属附属医院、26家非直属附属医院、4家中西医结合临床医学院和3所附属药业，各类教学及毕业实习基地逾百所。
学校科研实力强大，现有国家发改委工程研究中心1个，教育部重点实验室1个，教育部工程研究中心1个，江苏省重点实验室2个，江苏省协同创新中心2个，江苏省工程研究中心(工程实验室)6个，江苏省高校重点实验室7个(含国家重点实验室培育建设点1个)，江苏省海洋重点实验室1个，江苏高校哲学社会科学重点研究基地1个，国家中医药管理局重点研究室4个，国家技术转移示范中心1个，与中科院上海药物研究所全面合作，共建“新中药学院”。学校是国务院和文化部首批命名的“全国古籍重点保护单位”，是中国中医药文献信息检索中心南京分中心。近年来，学校科研工作成绩显著，先后获国家科学技术进步奖二等奖2项，2016、2017年度国家自然科学基金资助立项总数位居全国高校百强行列，项目经费总额名列全国中医药院校前茅。学校主办的《南京中医药大学学报》系中国科学引文数据库(CSCD)核心库来源期刊，中文核心期刊，中国高校百佳科技期刊。
学校师资力量雄厚，名家云集，是全国中医师资进修教育基地。拥有国医大师6人，全国名中医4人，双聘院士2人，“*”特聘教授2人，国家杰出青年科学基金获得者6人，国务院学科评议组成员3人，国家“973计划”项目首席科学家1人，百千万工程国家级人选7人，国务院政府特殊津贴获得者54人，国家有突出贡献中青年专家2人，国家教学名师2人，全国模范教师1人，全国优秀教师6人，中医药高等学校教学名师3人，国家自然科学基金优秀青年基金获得者1人，江苏省特聘教授10人，白求恩奖章获得者2人，何梁何利基金科学与技术创新奖获得者1人，形成了一支在全国中医药院校中领先的高水平教师队伍。
学校是世界卫生组织(WHO)传统医学合作中心、国家卫生部确定的国际针灸培训中心，是国家教育部批准接收和培养外国留学生及台港澳地区学生的首批高等中医药院校之一。1993年学校与澳大利亚皇家墨尔本理工大学合作开办中医学专业，首开我国与西方正规大学合作开展中医学历教育先河。学校着力通过中医孔子学院和海外中医药中心，推动中医药海外传播。2010年6月20日，学校与澳大利亚皇家墨尔本理工大学合作建立了中医孔子学院，习近平主席出席了揭牌仪式并发表重要讲话。学校目前与世界90多个国家和地区有着广泛交流和联系，并与世界30多个国家和地区的政府、高等院校或学术团体及机构建立了友好合作关系，先后在大洋洲、欧洲、美洲建立了8个海外中医药中心，其中中国—澳大利亚、中国—瑞士、中国—法国3个中心成为国家级海外中医药中心。
在长期的办学实践中，学校秉承“自信、敬业”的校训、“团结奋进、继承创新”的校风、“学贯中西，至精至诚”的办学理念、“仁德、仁术、仁人”的教育理念，彰显特色，追求卓越，各项事业快速发展，2016、2017、2018连续三年《中国大学评价》综合排名位居全国中医药院校之首，2017年入围U.S.News世界大学排行榜。面向未来，学校将继续深化体制机制改革，大力实施“人才强校、质量兴校”战略，坚持特色发展，加强内涵建设，积极创建高水平、有特色、国际化的世界一流中医药大学。
