学校前身是始建于1904年的云南蚕桑学堂。新中国成立后更名为昆明农业技术学校，1958年分出成立云南省畜牧兽医学校。1962年昆明农业技术学校更名为云南省农业学校。2002年，经云南省人民政府批准，云南省农业学校和云南省畜牧兽医学校合并组建云南农业职业技术学院。2018年，学校归口教育厅管理，云南省种畜、种禽、原种猪繁育推广中心成建制并入学校并在学校加挂云南省种畜繁育推广中心牌子。在117年的办学历史中，学校累计为社会输送了农业科技人才5万余人。
学校的发展与云南历史上若干重大事件紧密相连，在重大历史事件中做出了重要的贡献，具有光荣的革命传统。1913年朱德元帅曾在学校任体操教习，1929年云南第一任省委书记王德三在此任教，1938-1939年，原国立西南联合大学理学院、文学院和法商学院曾在学院茭菱校区办学，1941-1942年学校原教学大楼曾为飞虎队招待所。
二、学校具有鲜明的办学特色和良好办学条件
学校始终坚持“以农为本”的办学指导思想，在长期的办学实践中，坚持扎根农业行业，始终坚守职业教育领域，学校积极探索和创新高等农业职业人才培养模式，在特色兴校战略的引领下，坚持以工学结合、校企合作为出发点，以云南高原特色农业科技重大需求和学术前沿为导向，逐渐探索形成了独具特色的“全真全程”人才培养模式，在高职院校特色评估中受到专家的高度赞誉，办学特色鲜明。近年来，学校以优异的成绩通过了教学工作水平评估和高职院校特色评估，成为云南省示范性高等职业院校、国家优质高职院校。
学校以培养高等技术应用型人才为目标，实行专科学历证书与职业资格证书并重的教育模式。坚持“以服务为宗旨，以就业为导向”的职业教育办学方针，使学生具备“就业有优势、创业有能力、继续教育有基础、发展有空间”的现代职业素质。学生毕业时，除获毕业证书外，90%以上的学生获得相应专业的职业资格证书。学校毕业生就业情况良好，就业质量不断提升。近年来毕业生年终就业率始终保持在98%以上，连续第9年荣获“云南省高校毕业生就业创业工作目标责任考核一等奖”。学校重视并不断培养学生创新创业意识和能力，大学生创业取得可喜成绩，近年来已有近300名毕业生成功实现自主创业，已连续3年获得“云南省鼓励大学生创业先进集体”。2016年作为唯一一所高职院校获得全省高校毕业生就业创业工作创新奖。
三、学校为云南高原特色农业发展提供了技术支持
学校始终坚持服务社会，坚持依托行业办学，主动融入农业农村经济发展，服从和服务于高原特色农业发展，为云南高原特色农业发展提供了技术支持。2009年学校被农业厅认定为现代农业技术培训基地和农民创业试点培训机构，在学校成立了“云南省农民创业指导服务中心”。学校下设“云南省农职业教育培训中心”专门开展社会服务，积极参与了全省基层农技人员培训、新型职业农民培训、农民创业培训、科技增粮技术指导等社会服务工作。2009年以来，生猪综合实验站、油菜综合实验站、玉米综合实验站、马铃薯综合试验站和蚕桑经济研究室等现代农业产业体系项目依托学校实施并为全省提供技术支持，取得了较好的效果。2011起学校负责了全省粮食高产创建工作大理、丽江、迪庆、怒江四个州市的技术指导服务工作，为基层解决了一些实际问题。2011年，云南省农业产业化原料基地项目——滇陆种猪选育扩繁建设项目依托学校建设。2015年开始，学校承担云南烟草系统职业烟农试点培训任务，已累计培训700期，培训职业烟农76304人。学校还设有“农业部特有工种职业技能鉴定站”和“云南省第210职业技能鉴定所”，面向社会和毕业生开展职业技能鉴定服务。2018年被农业农村部确定为第二批全国新型职业农民培育示范基地，被教育部 财政部确定为优质省级职教师资培养培训基地。2018年成为云南农业标准化技术委员会、云南省农学会、云南农业职业教育集团秘书长单位并负责日常工作的开展，负责《云南农业》《云南农业年鉴》《云南省志·农业志》的编辑出版等，学院加挂云南省种畜繁育推广中心牌子。2021年成为全国100所乡村振兴人才培养优质校，为学院开展好社会服务提供了更为宽广的平台。
四、学校国际交流合作在云南同类院校中处于领先地位
学校自2006年以来，分别与泰国、韩国17所农业院校签订了互派留学生、合作办学协议。2006以来与泰国孔敬农业技术学院等10所学校互派留学师生13批次近400人次。学校每年选派30多名学生赴泰国农业职业技术学院学习，已有20多名毕业生先后到泰国就业。2012年在柬埔寨承建了“中国云南—柬埔寨班迭棉吉现代农业科技友谊示范园”，项目得到了柬埔寨王国副首相高金然的高度赞许。2013年举办了一期来自非洲埃塞俄比亚农业技术学院由9名院校长组成的农业教育培训班。2016年农业部将“中国-缅甸农业技术培训中心”设在云南农业职业技术学院，搭建了面向东南亚南亚的国家级培训交流平台。2015年以来该中心已经举办缅甸农业技术培训班4期，培训缅甸学员49人。通过交流与合作，产生了积极的国际影响，学校社会服务工作已开始走出国门，辐射东南亚和南亚。
农业职业教育是高原特色农业发展的重要支撑，作为云南农业职业教育龙头院校，学校在高原特色农业发展中承担着高素质技能型人才培养重任。《云南省中长期人才发展规划》指出，要“依托云南农业职业技术学院，加强农业高技能型人才培养”。学校在东南亚、南亚国家具有一定的影响力和较高知名度，在“一带一路”倡议实施中，学校将在东南亚、南亚农业科技交流与技术培训方面发挥重要作用。
