学校设有临床医学院、护理学院、药学院、检验预防学院、口腔医学院、基础医学部、社科公共部、继续教育学院、高职发展研究所、科研信息中心和图书馆等11个教学教辅院部、中心、馆。专业设置有临床医学、口腔医学、中医学、康复治疗技术、针灸推拿、医学影像技术、护理、助产、药学、中药学、药品生产技术、药品经营与管理、药品质量与安全、公共卫生管理、医学检验技术、卫生检验与检疫技术、预防医学、中医养生保健、老年保健与管理、健康管理等20个专业。面向全国招生，文理兼收，目前有全日制大专在校生9243人。成人教育设置临床医学、中医学、护理、药学、医学检验技术、医学影像技术、公共卫生管理、医药营销、康复治疗技术、中药学等10个专业，与福建医科大学、福建中医药大学联合举办护理学、药学、临床医学、口腔医学、医学检验技术、医学影像技术、公共卫生管理、预防医学、中医学、中药学、康复治疗学等9个专升本专业，在学函授学生1488人。
学校坚持以质量为核心的内涵发展，创新发展现代高等职业教育，打造技术技能人才培养高地。目前拥有1个教育部、卫生部“第一批卓越医生教育培养计划”试点项目，2个教育部、财政部“高等职业学校专业服务产业发展能力”项目，4个福建省高职教育现代学徒制、二元制办学项目。1个国家级教学团队，2个省级优秀教学团队。1个全国健康服务类示范专业，3个国家骨干专业（群），5个全国1+X证书制度试点项目，1个省级产业融合示范专业点A类培育项目 ，3个省级服务产业特色专业群，6个省级高职精品专业，9个福建省高等职业教育示范专业。13门省级高职精品课程，6门省级精品在线开放课程。2个中央财政支持国家级实训基地，1个国家生产性实训基地，3个省财政支持高等职业教育实训基地，3个福建省高等职业教育生产性实训基地，1个省职业院校专业群实训基地A类培育项目。1个国家高校应用技术协同创新中心项目，1个福建省高校应用技术工程中心建设项目，1个福建省高职院校应用技术协同创新中心建设项目，1个泉州市公共实训基地。
目前，学校落实深化新时代教育评价改革总体方案，建设有特色高水平的高职医学院校，为实现应用型本科医学院校目标而奋斗。
