学校坚持党对学校事业的全面领导，形成以学校《章程》为纲领的制度体系。不断加强“双代会”、学术委员会等民主管理，推进校院管理体制机制改革。建成网络化、全覆盖、具有较强预警功能和激励作用的“五多一平台”内部质量保证体系，形成“责有攸归 质量自觉”质量文化。全体师生以“仁爱 求真 笃行 拓新”为校训，形成“文明 团结 勤奋 进取”的优良校风和“刻苦 严谨 求实 创新”的学风，铸就“精益求精 追求卓越”的南京科院精神。
学校将紧紧抓住国家大力发展职业教育的战略机遇期，坚持以*思想为指导，全面贯彻“创新 协调 绿色 开放 共享”五大发展理念，全面提高人才培养、科学研究、社会服务、文化传承与创新、国际交流合作的能力和水平，奋力推进学校高质量发展走在前列，努力把学校建设成为“国内一流 特色鲜明 充满活力”的高职院校。
