2001年，他坚持数十年的高等教育学科建设与人才培养的成就获得国家优秀教学成果奖一等奖。已培养了高等教育学科硕士、博士100余名。
主要成就：
潘懋元教授的学术成就得到国内外同行专家的公认，多项成果获奖，个人也获得多项荣誉。主要有：
第一部《高等教育学》于1987年获中国人民大学吴玉章基金教育学优秀奖，于1988年获国家教委第一届高等学校优秀教材一等奖，于1989年获全国首届优秀教育理论著作优秀奖；
《高等教育学讲座》于1989年获全国教育科学优秀专著一等奖；
《马克思主义的教育理论家杨贤江》于1987年获中国杨贤江基金会荣誉奖；
《市场经济冲击与高等教育抉择》于1993年获中国高教学会优秀论文一等奖、福建省高教学会优秀论文一等奖；
《与高等教育》于1995年获国家教委人文社科一等奖；
《高等教育的基本功能：文化选择与创造》于1998年获中国高等教育学会优秀论文一等奖；
《现代高等教育思想的演变——从20世纪到21世纪》于2009年获福建省第八届社会科学优秀成果奖荣誉奖等。
由于贡献卓著，1982-1985潘懋元教授成为国务院学科评议组特邀成员；
1985-1996担任国务院学科评议组召集人；
1991年潘懋元教授被评为有突出贡献的专家并获得国务院特别津贴待遇；
1999年，英国Hull大学授予他荣誉博士学位，该校校长迪尔克思（Dilks）教授称他是一位“对中国教育作出了重大贡献的学者”，英国副首相普雷斯科特（Presctor）还专门发来了贺信；
2000年，中国教育部在庆祝潘懋元教授从教65周年暨80华诞时，特地发来贺信，对他的工作成就给予高度评价，贺信中说：“潘懋元教授作为一名著名的教育理论家，教育理论研究硕果累累，为创建中国高等教育学学科，丰富和发展中国高等教育理论体系做出了重要贡献；作为一位杰出的教师，培养了大批高层次教育学人才，桃李满天下，为建设中国高等教育理论骨干教师队伍和研究队伍做出了重要贡献；作为一位优秀的教育活动家，对中国若干重要教育改革决策提出了许多宝贵的意见和建议，为中国高等教育宏观决策科学化做出了重要贡献。”这正是对他客观、准确的评价。
1996年，《学习－研究－教学实践三结合的研究生课程教学方法》获福建省教学成果一等奖；其坚持数十年的高等教育学科建设与人才培养的成就《高等教育学学科建设人才培养与教学改革研究》于2001年获国家级教学成果奖一等奖；《学术沙龙：情理交融中的人才培养实践》于2009年荣获国家级教学成果二等奖。
1978年以来，潘懋元教授在校内外担任许多职务，被全国几十所大学和高教研究机构聘为名誉教授、兼职教授或研究员。他经常外出讲学，足迹遍布中国的东西南北，从高等教育实践中敏锐地发现问题，进行研究。还先后到过日本、菲律宾、泰国、英国、新加坡、尼泊尔、科威特、美国、俄罗斯、荷兰、立陶宛等多个国家以及港澳台地区，将中国的高等教育成果向境外推广，促进高等教育的学术交流。
2000年春夏之交，已年届80高龄的潘懋元教授，还东渡扶桑，应邀赴日本广岛大学大学教育研究中心兼任客座研究员，在该中心做研究工作，并为研究生开“高等教育学专题”课程。
上个世纪90年代，加拿大教育家许美德就曾在《Portraits of Influential Chinese Education》一书中，刊载了对潘懋元教授的访谈录。
新世纪之初，挪威学者阿里·谢沃（ArildTjeldvoll）先生的著作《潘懋元——一位中国高等教育学的创始人》（Pan Maoyun：A Founding Father of Chinese High Education Research）全面记述了潘懋元教授的非常成就，并分别以中、英两种文字出版，将潘懋元教授以及他对中国高等教育研究的贡献向世界进行推广。
