潘懋元主编，《传承与变革：“中华高等教育改革”国际学术研讨会论文集：international conference on higher education reform in China》，厦门大学出版社，2004
潘懋元（第一作者），《马克思主义教育理论家杨贤江》，人民教育出版社，1983；光明日报出版社，2005
《中国当代教育家文存·潘懋元卷》，华东师范大学出版社，2006
《潘懋元教育口述史》，北京师范大学出版社，2007
潘懋元主编，《现代高等教育思想的演变——从20世纪到21世纪初期》，广东高等教育出版社，2008
潘懋元主编，《中国高等教育大众化的理论与政策》，广东高等教育出版社，2008
潘懋元主编，《高等教育研究方法》，高等教育出版社，2008
潘懋元主编，《中国高等教育大众化的结构与体系》，广东高等教育出版社，2009
潘懋元主编，《大学教育质量的理论与实践研究》，广东高等教育出版社，2009
潘懋元（第一主编），Key to University Quality Assurance：Faculty/Staff Development in the Global Context，福建教育出版社，2007
《潘懋元文集》（八卷本），广东高等教育出版社，2010
主要论文：
第一部分
潘懋元：王亚南教授是如何以研究的态度来进行教学的，厦门大学学报（哲学社会科学版），1979年第1期
潘懋元：在教育是否属于上层建筑讨论中若干有待商榷的问题，学术月刊，1979年第12期
潘懋元：认真学习《决议》，加强教育理论建设，中国教育学刊，1981年第3期
潘懋元：关于杨贤江教育思想若干问题的我见，中国教育学刊，1981年第4期
潘懋元、王增炳：杰出的青年运动领导人杨贤江，人民教育，1981年第8期
潘懋元：蔡元培教育思想，辽宁教育研究，1982年第1期
潘懋元：高等学校管理干部的专业化问题，教育发展研究，1982年第4期
